EVER HAD A DREAM, NEO?
Tome a pílula vermelha demonstrando sua vontade de ingressar na Matrix. A etapa seguinte é um tutorial onde os policiais surgem dos elevadores e você deve derrotá-los tentando suas habilidades. No final, o jogo indicará qual nível de dificuldade se adequou a você - pode ser mudado.
THEY'RE COMING FOR YOU, NEO
Conforme Morpheus lhe dá as ordens, mova para os locais destacados em verde. Siga o guarda até a recepção, aguarde a conversa, esconda-se atrás do balcão e do armário. Siga o guarda até o final do corredor, livre-se quando tentarem te imobilizar e entre no escritório com a janela aberta.
Encoste-se, avance pela plataforma estreita e caia sobre o teto do elevador. Continue pela plataforma estreita, tome o elevador de serviço direito. Neo estará pendurado nos alicerces de construção; suba, evite ser imobilizado pelo guarda e suba a escada de mão. O guarda no alto cairá quando você se aproximar. Pegue uma carona com o funcionário. Contorne o pilar, mova-se encostado na plataforma estreita, caia no elevador e vá para o teto do prédio.
HE'S HEADING FOR THE STREET
Vá para a escadaria, desça o máximo que puder, evite os guardas e continue descendo as escadas. Passe pelo escritório, desça mais as escadas e encontre o agente Smith. Fuja dele passando pela sala dos servidores, vire à esquerda quando encontrar o guarda armado e saia do prédio.
KUNG FU TRAINING
Aproxime-se furtivamente das costas do inimigo e pressione o botão na tela para derrotá-lo com um único golpe. Desça a escada de mão, avance e derrote mais inimigos na área seguinte. 
Ande abaixado para que os guardam não lhe vejam, entre na sala e tente derrota-los sem que soem o alarme - obtenha um bônus. Combata mais inimigos, vire à direita, salte as pontes destruídas e suba a escada de mão. O último desafio é um torneio divido em vários rounds, você aprenderá a lidar com o foco e realizar golpes mais devastadores. Cuidado com o velhinho, ele é bom de briga, esquive-se bastante.
SWORD TRAINING
Neo começa com uma espada já empunhada. Vá para perto da queda d'água e lute com o espadachim. Receba a nova habilidade: o combo de quatro hits. Combata-o mais uma vez e ele saltará o telhado da casa, Trinity também irá treinará junto contigo. Derrote-o mais uma vez. O espadachim criará réplicas de si próprio, golpeie o verdadeiro no alto e os que sobrarem também.
WINTER TRAINING
O cenário fica meio estranho, instabilidade do sistema? Pegue a espada, corte a parede para revelar a passagem e o fantasma aparecerá; persiga-o cortando as paredes. Quando as rachaduras se formarem no piso, ative o foco e corra na parede.
Combata os espadachins. Ao avançar pelo corredor, uma barreira impedirá seu progresso; volte alguns passos e corte a parede ao lado para encontrar o fantasma. Derrote-o, pegue o item mostrado na animação e obtenha a habilidade killing blow. A barreira será desfeita, corra na parede no trecho em chamas.
Alcance a jardim, derrote os inimigos que já notaram sua presença. Dirija-se à fogueira no canto e mais inimigos para combater. Finalmente os três últimos combatentes estarão no centro do jardim.
AERIAL TRAINING
Alcance a pontuação indicada dentro de cinco minutos. Fique sempre no andar superior, já que possui menos obstáculos favorecendo seus golpes. O bastão lhe permite atacar vários inimigos de uma só vez.
WEAPON TRAINING
Mire para um alvo e dispare; este é o básico, mas em Matrix você pode fazer muitas acrobacias e golpes especiais - aprenda-os agora. Sempre que possível exploda os extintores. Persiga o chefe durante todo o treinamento e acabe com ele no final.
DOJO TRAINING
Morpheus é bastante ágil fazendo-se necessário utilizar sempre o foco. Pressione o botão de esquiva várias vezes quando estiver sendo atacado pelas costas e conseguirá desviar. Obtenha as habilidades Off Wall Strike e Off Wall Super para realizar ataques enquanto corre na parede.
Siga Morpheus através das paredes que vão abrindo caminho. O desafio consiste em alcançar o telefone antes que Morpheus. Utilize o foco e salte mais longe, corra na parede, há também a necessidade de saltar em parede em parede (como no jogo Prince of Persia). 
D??J?? VU: IT'S A TRAP
Lembra de quando Neo viu o gato duas vezes? Pois bem, os problemas começaram definitivamente. Atire no extintor caso não consiga localizar a fissura na parede. Ao longo da fase, todas as fissuras podem ser destruídas com golpes ou tiros.
Nos corredores, vá na direção dos inimigos disparando e golpeie quando chegar perto o suficiente. Os extintores também auxiliarão a derrotar os inimigos aglomerados. Desça metade da escada (há um item de saúde se você descê-la por completo). Chegue até a sala onde está Morpheus e os outros.
Ao término da fase, você recebe um upgrade para aplicar em uma das habilidades já adquiridas.
STORMING THE DRAIN
Acompanhe a equipe até o outro lado. Empunhe suas armas e mate todos os inimigos que virão, pegue o explosivo e plante na grade, afaste-se e detone.
Os explosivos sempre são achados nos corpos dos inimigos, caso sejam usados inapropriadamente, é preciso jogar a fase de novo. Plante um explosivo no pilar que mantém a plataforma, afaste-se e detone. Siga a trupe pela rampa que se formou das ruínas. A explosão do próximo portão ficará a cargo da equipe, porém examine os últimos inimigos mortos para encontrar o explosivo. Dica: Nesta fase você receba a habiliade focus aerial throw muito divertida de usar.
Plante o explosivo no pilar, tente retornar pela rampa, porém não será possível. Não detone ou você será morto. Combata o agente Smith várias vezes e dê um salto com foco de volta para a plataforma quando os aliados avisarem. Salte para as ruínas e continue seguindo o pessoal - utilize as escadas de mão.
LOBBY SHOOTING SPREE
Proteja nos pilares do saguão e atire bastante para não perder muito tempo no combate corporal, afinal a vida de Morpheus está em jogo. Um dos soldados possuirá granadas, jogue algumas nos inimigos aglomerados. O elevador descerá trazendo mais soldados, jogue uma granada neles se ainda possuir alguma. Um cronômetro surgirá na tela, é o tempo que você ainda tem para tomar o elevador.
ROOFTOP ASSAULT: DODGE THIS
Os helicópteros trazem reforços a cada vez que sobrevoam o telhado. Logo no primeiro tiroteio, Neo recebe a habilidade bullet dodge, assim conseguirá desviar dos projéteis das armas. Dentre os reforços, um dos agentes sempre se infiltra dificultando sua tarefa; quando estiver lutando com o agente, fique na borda do telhado ou de preferência num dos cantos, então realize combos que o jogue para fora do prédio. Pegue o lançador de granadas com um dos soldados e tente derrubar o helicóptero.
HELICOPTER RESCUE
Corra na direção do helicóptero, use a habilidade de salto duplo (adquirida antes) para conseguir realizar a façanha. No controle da metralhadora montada, você deve acabar com todos no telhado. O foco facilita muito sua tarefa de mirar com precisão, aproveite e atire nos objetos do cenário como contêiner suspenso que esmagará alguns inimigos.
O alvo seguinte é outro helicóptero, consuma o foco quando ele se aproximar, alem disso acerte os mísseis antes que acertem o seu helicóptero. Em seguida, concentre-se nas janelas do prédio onde Morpheus é mantido. 
SUBWAY SHOWDOWN
Só Neo contra o agente Smith. Lute próximo dos trilhos do metrô e dê combos que joguem Smith nos trilhos. Você vencerá quando o metrô atropelar Smith. O agente retorna e joga Neo através da parede; apenas fuja pelo único caminho disponível.
STUCK IN THE LOOP
Vá para o outro lado, espere o metrô e tente entrar. O condutor exigirá um bilhete pela corrida, então volte alguns passos e pegue-o onde deveria ser uma roleta. Entregue ao cobrador e siga viagem. Perguntado sobre um telefone, o condutor diz que está no último vagão.
Vá para os outros vagões, um que está virado ao avesso e outro que possui apenas algumas partes do piso e ainda por cima, mudam de posição - a maneira mais fácil é saltar dois deles e conclua o restante do trajeto correndo na parede.
Chegando ao vagão com o telefone, corra com o foco ativado ou o loop não permitirá que você alcance o final do vagão. Faça o caminho de volta, salte os pedaços do vagão sem piso e chegue ao vagão ao avesso - ele muda de posição conforme você entrar e sai dele, faça isso até deixá-lo na posição correta. Quando o condutor informar a próxima estação, pressione o botão do lado esquerdo.
Lute com os inimigos até que apareçam vagões diferentes (não tripuláveis), esteja preparado ativando o foco e salte no vagão plano. Suba a escada de mão no final.
THE CHASE: I NEED AN EXIT
Fuja dos agentes que devido à população na rua, estão sempre por perto. Ande pelas ruas e assim que constatar caminho falso, apenas procure outra rua ou direção. Salte o caminhão que tentará bloquear seu caminho e entre pela porta - tem um painel luminoso com seu nome. Continue no corredor do prédio e passe pelo quarto cuja porta é aberta assim que você passa e vá novamente para a rua. Suba a escada, corra na parede já que a passarela desabará e entre.
HE IS THE ONE
Pare as balas e mande-as de volta para os agentes. Lute contras os três agentes ao mesmo tempo, não diga que é difícil, afinal você é o Escolhido. Evite que eles te cerquem e concentre-se em um por vez. Neo finalmente vence o agente Smith.
RED PILL RESCUE
A guerra cessa e Neo, o Escolhido, tem mais missões. Escolha-as na ordem que desejar.
THE HEALER
Pergunte aos cidadãos onde existe uma loja de ervas e eles dirão do outro lado da rua. Vá para lá fale com o curandeiro e leve-o para fora. Antes de prosseguir Neo tem de derrotar todos os policiais. Leve o curandeiro, porém o caminho se fechará, alternativamente existe uma estação nas proximidades.Siga o curandeiro de volta para seu estabelecimento, saia pela outra porta e combata mais soldados no caminho. Vença um agente no final.
THE KEY
Fale com a garota e desça as escadas. Combata o sujeito grandalhão e sua gangue. A garota recuperará a chave. Siga pela porta em frente, suba a escada circular, dobre à direita e passe pela porta dupla. Mais inimigos para serem derrotados.
THE LIBRARIAN
Tenha uma luta demorada com os dois agentes enquanto a bibliotecária fugiu para se proteger. Quando você, parcialmente, derrotar os agentes, persiga a garota pela biblioteca através das muitas portas.
A garota ficará pendurada na janela circular, tente ajudá-la, mas basta apenas cair na sala seguinte que a garota cairá também - e sem danos. Derrote os policiais e o agente no final.
SKULL'S LAMENT
Combata a equipe da SWAT no corredor antes que eles alcancem o portador da pílula vermelha. A segunda equipe virá do elevador, atire enquanto se aproxima. Converse com asiático que exigirá um combate. Derrote os agentes.
THE SECURITY GUARD
Suba as escadas. Neo receberá a habilidade do salto antigravitacional que permitirá saltar na plataforma superior quando a escada desabar. Execute a o salto mais uma vez e encontre o guarda. O agente tentará matará o guarda apontando uma arma para sua cabeça, ative o foco, corra até lá e golpeie antes que consiga disparar. Além de lutar com os agentes, mate os policias que ficarão atirando contra o guarda.
THE CAPTAINS' MEETING
Lute contra os agente agora mais aprimorados. Mesmo com a dificuldade aumenta, três agentes não são páreos para Neo. Após o combata, Neo ganha a habilidade visão código que é permite ver através das paredes. Derrote todos os inimigos do prédio, vá para a externa e derrote o restante.
CAPTAIN ROLAND
Combata a equipe da SWAT evitando que matem Roland. Em seguida, salte na plataforma superior com um salvo antigravitacional, fique na extremidade da plataforma e veja que existe uma pequena plataforma sustentando algumas caixas - destrua o alicerce e bloqueie a passagem de onde vêm os inimigos.
Dê um salto antigravitacional no "braço" do guindaste e mais um salto na cabine de controle. Pegue o capitão Roland e leve-o à plataforma superior. Vá para junto do capitão e ajude-o a combater mais policiais. Em breve, você receberá a ordem para voltar à cabine de controle do guindaste, então salte novamente e use o botão esquerdo para destruir a sala de comando onde o inimigo dispara o lança granadas. Vá para lá e conclua a fase.
CAPTAIN BALLARD
Use o foco e ataque os dois inimigos de surpresa, ative o visão código e veja que existe mais um inimigo dobrando a esquina e com uma shotgun. Entre na cozinha do restaurante e atire rapidamente nos inimigos antes que matem o capitão. Após o confronto, o capitão tentará conduzi-lo à saída mais próxima, porém será necessário um caminho alternativo pela porta do outro lado. Vença os três agentes.
CAPTAIN NIOBE
Derrote os agentes com a ajuda de Niobe. Os agentes ressurgirão novamente no final da escada. Comece a subir, lute contra os policiais da SWAT e em cada nível é preciso acertar as engrenagens para bloquear a passagem e evitar que mais policiais surjam. Derrote os agentes mais uma vez.
MORPEHUS AND TRINITY
Salte do alto do prédio na rua onde Morpheus e Trinity se encontram. Ajude-os a combater os policiais. No outro trecho da rua, perceba que um dos inimigos deixa cair um lançador de granadas, pegue-o, mas poupe munição para usar somente no helicóptero controlado por um dos agentes.
SERAPH'S APOLOGY
Seraph exigirá um combate. A primeira parte é na própria casa de chá sem muita dificuldade. Mas o asiático não gosta de coisas simples... a segunda etapa é sobre estacas de madeiras em chamas: enquanto boa parte das estacas não esteja destruída pelas chamas, você não conseguirá derruba-lo e causar-lhe danos. Lute, em seguida, em uma sessão de cinema usando um esfregão como arma. Volte para a casa de chá e derrote pela última vez.
THE BURLY BRAWL
Um dos momentos mais esperados do jogo é o combate com as centenas de agentes Smith. Comece golpeando, com combos longos, as cópias que se aproximam e as poucos vão lhe cercando.
A grande arena é formada com as centenas de agentes. Quando o primeiro prédio desabar, examine os destroços e pegue um bastão que facilitará bastante o combate além da possibilidade de dar golpes em 360º acertando mais agentes de uma só vez. Mais prédios desabarão e você precisa pegar outros bastões já que eles se desgastam a medida que são usados.
THE FRENCHMAN
Combata os capangas de Merovigian. A primeira parte é de mãos limpas, mas depois cada um empunha uma espada. Roube a arma deles para derrotá-los mais rapidamente. Prossiga pela porta esquerda embaixo da escada - vá para o andar superior se precisa recuperar a saúde.
Uma das estantes encontra-se virada revelando a passagem para o calabouço. Quando estiver avançando pelos corredores, um dos capangas lhe jogará numa sala com a garota amarrada. Lute com eles e a garota dará uma ajuda ensurdecedora. Chegue à sala com várias portas.
DISTORTED DIMENSIONS
Apenas caminhe para a porta no final do corredor. 
FACE 1
Suba a escada e empunhe o bastão com a ponta em chamas. Salte na grande sala abaixo, perceba algumas janelas que parecem estar iluminadas pelo sol, entre pela porta no final do corredor passando por elas.
FACE 2
O bastão em chamas facilitará o combate com a formiga gigante, embora existam mais bastões logo adiante. Salte na plataforma adiante, suba quaisquer das escadas e entre na porta da extrema direita.
FACE 3
Derrote duas formigas gigantes, siga o corredor da esquerda até se aproximar da porta. Dê um salto antigravitacional ou apenas escale a parede para alcançar a plataforma superior. Rume na direção de uma porta sobre um bloco afastado - salte nela se desejar, porém não entre, ela facilitará a localização da verdadeira porta que está no início de uma escada meio escondida.
FACE 4
Desça a escada até a fonte. Mova o bloco à direita, fique próximo ao portão e combata as formigas gigantes, entre rapidamente quando ele abrir a primeira porta. A porta para escapar está à esquerda.
FACE 5
Combata as formigas gigantes, suba a escada e dê uma boa olhada para trás. Perceba que existem duas portas, salte nas plataformas suspensas e entre pela porta mais à esquerda.
FACE 6
Derrote as formigas gigantes. Procure alguns blocos suspensos à esquerda, entre pela porta no bloco mais afastado. Você será transportado para outro local, salte na plataforma em frente e entre pela porta. Cruze o extenso corredor e entre pela última porta.
DOWNSIDE UP
Depois das formigas gigantes, Merovigian impõe vampiros como seus próximos tipos de inimigos. Avance pelos corredores, os vampiros lhe aguardarão nas salas onde devem ser derrotados para os portões se abrirem. Após algumas salas, você será jogado no começo da fase e tem de fazer tudo novamente, a diferença é que os vampiros surgirão de dentro dos pilares e paredes. Enfrente o chefe na arena.
THE WITCH
Três copias idênticas da mesma garota e você tem de escolher a verdadeira. Basta ativar a visão código e ver a de coloração azulada - as demais ficarão vermelhas. Fique perto da garota certa e use a telecinética.
A bruxa tem o mesmo poder telecinético de Neo. Deixe que ela jogue objetos contra você, então rebata-os contra ela. O combate seguinte será corpo a corpo, roube o bastão da bruxa ou pegue um no cenário. Fale com a garota que gritará diante de uma porta, passe por tal porta.
TUNED OUT
Morpheus lhe acompanha nesta jornada pelos corredores onde o agente Smith conversa através do monitores de tevê. Proteja Morpheus durante esta empreitada e vocês se dividirão. Um dos agentes tentará acabar com o Master Key enquanto os demais tentarão impedir Neo. Conduza o Master Key até o final do corredor. Morpheus será apanhado pelos agentes.
MINISTRY OF SMITHS
Para todo lado que você andar, pelo menos quatro agentes estão cercando-o. Suba rapidamente a escada à direita e ajude Morpheus antes que a saúde dele se comprometa. Certas vezes, Morpheus vai para outros pontos do local e como os agentes estão sempre te cercando, é comum ficar desorientado, então fique atento às dicas de Morpheus informando sua localização. O Master Key, após algum tempo, conseguirá abrir a porta para vocês, ela está no altar à direita.
TAKING THE FLOOR
Proteja-se atrás do balcão enquanto os Smiths disparam suas armas de fogo. Una forças com Morpheus e parta para mais um combate corpo a corpo com os agentes. Você leva uma pequena vantagem por possuir um bastão, mas não tanta. Enquanto o Master Key tenta abrir passagem, Neo empunha um lançador de granadas que deverá detonar vários agentes. Dê o fora quando a porta estiver destrancada.
MR. ANDERSON, WELCOME BACK
Batalha com um único agente Smith. O interessante é você ser jogado para as laterais cercadas pelas centenas de cópias de agente, eles te jogarão contra o chão, todavia impulsionarão o agente Smith. Então procure ficar no centro do local.
AERIAL BATTLE
No ar, os controles mudam um pouco, então observe atentamente as informações que antecedem a batalha. Algumas vezes Neo ou Smith são jogados para dentro da estrutura dos prédios. Use golpes carregados e também desvie dos golpes do agente Smith que lhe jogarão para longe.
THIS IS MY WORLD
Os Smiths criam um robô super Smith com um tamanho devastador. Voe em torno do robô desviando de seus ataques. Caso um dos Smiths te agarre, livre-se rapidamente antes que o robô lhe golpeie. Neo também será jogado nas ruas, neste local, o robô arremessará veículos contra você - desvie pelas laterais ou dê um super soco carregado. Nas proximidades do robô novamente, crie uma abertura na superestrutura do robô.a